理事会
设理事长（院长）1名，副理事长1名，理事1名；监事会设立监事2名；设立秘书长1名，下设专家委员会、课题研究部、培训部、公共事务部。
专家委员会
含行业前瞻研究专家、学前教育信息化研究专家、幼儿园课程专家、儿童游戏专家、家庭教育专家、0-6岁儿童发展专家，为山东未来学前教育研究院提供指导建议和开展学术研究。
课题研究部
下设幼儿园课程研究中心、教师发展研究中心、教育技术研究中心、家庭教育研究中心、0-3岁婴幼儿发展研究中心；培训部主要承担培训工作。
公共事务部
主要负责国内外教育机构合作和公益项目。
